Trong thời Edo (1603-1868), shogi đã theo một hệ thống iemoto tập trung quanh ba gia đình (trường phái): Trường Ōhashi (shogi) (ja), Trường Ōhashi (chi nhánh) (ja) và Trường Itō (shogi) (ja).[1] Các danh hiệu như Meijin là di truyền và chỉ có thể được nắm giữ bởi các thành viên của ba gia đình này. Ba trường phái này được Mạc phủ Tokugawa hỗ trợ và do đó kiểm soát thế giới shogi chuyên nghiệp cho đến năm 1868 khi cuộc Duy tân Minh Trị diễn ra.[2] Vào thời Sōin Itō (ja) người đứng đầu thứ tám và cuối cùng của trường Itō và Meijin thứ 11, qua đời vào năm 1893, ảnh hưởng của các gia đình đã giảm tới mức mà họ không có quyền lực thực sự nào.[3]

Hình thức sớm nhất của JSA được thành lập vào ngày 8 tháng 9 năm 1924 với tên Hiệp hội shogi Tokyo (東京将棋連盟, tōkyō shōgi renmei?) sau đó được đổi tên thành Hiệp hội shogi Nhật Bản (日本将棋連盟, nihon shōgi renmei?).[4]